專委會的執行機構為理事會。秘書處是學會常設辦事機構，執行學會的各項決議，在理事會休會期間授權秘書長主持開展日常工作。根據委員會工作實際開展情況，秘書處常設機構：

      一、學術部：開展學術研討與學術交流活動，負責委員會的日常管理。
      二、會員部：負責全國非藥物療法委員會會員發展、管理和服務工作。
      三、咨詢開發部：圍繞我會的宗旨和任務，加強與有關單位和學術團體的聯系，發展多種形式的協作關系。
      四、培訓部：與有關單位合作，組織中醫藥特殊專業技能的培訓。
      五、辦公室：負責綜合協調、審核把關、督促落實、服務保障工作。